2008 m. lapkričio 25 dieną per Telšių vyskupiją nuvilnijo liūdna žinia, kad šios dienos vakarą Telšių apskrities ligoninėje po ilgos ir sunkios ligos amžinybėn iškeliavo ilgametis Telšių vyskupijos ganytojas Antanas Vaičius. Vyskupas buvo pašarvotas Telšių katedroje, kurioje du vakarus buvo aukojamos šv. Mišios, prie mirusiojo rinkosi tikintieji, kunigai meldėsi už savo ganytoją giedodami Žemaičių Kalvarijos Kalnus.

Lapkričio 28 dieną nuo pat ankstyvo ryto į Telšių katedrą plūdo minios žmonių, norėdami atsisveikinti su ilgamečiu savo ganytoju ir pasimelsti už jį. Nuo pat ryto tą dieną už mirusį vyskupą buvo aukojamos šv. Mišios, giedamos gedulinės atgailos psalmės – egzekvijos. Laidotuvių šv. Mišios buvo aukojamos 12 val. Laidotuvių šv. Mišių liturgijai vadovavo Telšių vyskupas J. Boruta SJ, koncelebravo apaštalinis nuncijus arkivysk. J. St. Zurbriggenas, Vilniaus arkivyskupas metropolitas kardinolas A. J. Bačkis, Kauno arkivyskupas metropolitas S. Tamkevičius SJ, Panevėžio vyskupas J. Kauneckas, Vilkaviškio vyskupas R. Norvila, Šiaulių vyskupas E. Bartulis, Vilniaus arkivyskupo augziliaras vyskupas J. Tunaitis, Panevėžio vyskupas emeritas J. Preikšas, Apaštalinio nuncijaus sekretorius mons. J. F. Lantheaume, Lietuvos vyskupų konferencijos generalinis sekretorius mons. G. Grušas, Lietuvių popiežiškosios kolegijos Romoje rektorius mons. P. Šiurys, iš visos Lietuvos susirinkę prelatai, monsinjorai, kanauninkai ir didelis būrys kunigų. Šv. Mišių metu giedojo iš visos vyskupijos atvykę parapijų chorų vadovai, vargonininkai bei choristai. Šv. Mišių pradžioje užuojautos žodžius susirinkusiems tikintiesiems tarė apaštalinis nuncijus. Pamokslą pasakė Telšių vyskupas J. Boruta SJ. Susirinkusiems laidotuvių dalyviams priminė a. a. vyskupo Antano Vaičiaus nueitą gyvenimo kelią, o savo homilijoje kalbėjo amžinojo gyvenimo viltį, kurią visada skelbė velionis. Ekscelencija citavo velionio Telšių ganytojo įvairiuose leidiniuose spausdintus interviu, įvairiomis Lietuvai ir Bažnyčiai aktualiomis temomis bei klausimais. Kalbėdamas vyskupas pabrėžė velionį buvus tikrą žemaitį – atkaklų, tvirtą ir į viską žvelgiantį su giedra, humoru ir viltimi.

Po šv. Mišių atsisveikinimo žodį tarė Panevėžio vyskupas ordinaras J. Kauneckas. Jis dėkojo a. a. vyskupui Antanui Vaičiui už paprastumo, tikėjimo, uolumo ir meilės kiekvienam žmogui pamokas.

Po šv. Mišių ir maldų už mirusįjį Telšių vyskupijos kunigai ant savo pečių nešė savo buvusį vyskupą didžiulis kunigų būrys pajudėjo link Telšių vyskupijos kurijos ir netoli esančio namo, kur paskutiniais metais gyveno garbusis velionis. Taip atsisveikinęs su savo žemiškaisiais namais Telšių vyskupas emeritas Antanas Vaičius atgulė amžinajam poilsiui jo mylimos Telšių katedros šventoriuje prie savo paties pastatyto akmeninio Rūpintojėlio šalia vyskupų P. Maželio ir Pletkaus.